Herttoniemen nimi on nykyisin ruotsiksi Hertonäs, mutta vuonna 1548 nimi esiintyi muodossa Hertones ja hieman myöhemmin muodoissa Hertugnäs ja Hertognes. Vuonna 1405 Porvoon käräjillä on ollut lautamiehenä rälssimies Laurens Hertoghe. On arveltu, että hän on nauttinut verovapautta aluella olleista tiloista ja näin antanut alueen tiloille oman nimensä. Suomenkielinen nimi esiintyi vielä 1950-luvulla myös muodossa Herttuaniemi.

Länsi-Herttoniemen nimistö noudattaa kahta teemaa, jotka ovat suomalaisiin eläimiin liittyvät nimet, kuten Susitie, Karhutie ja Hirvitie tai hiihtoon liittyvät nimet, kuten Hiihtomäentie, Mäenlaskijantie ja Hiihtäjäntie. Roihuvuoressa valtaosa nimistöstä on taas satuaiheita kuten Punahilkantie, Keijukaisenpolku tai Satumaanpolku. Herttoniemen teollisuusalueella taasen katujen nimistö liittyy pääasiassa ammattinimikkeisiin kuten Sahaajankatu, Mekaanikonkatu ja Konemestarinkatu.

Herttoniemenrannan Herttoniemenranta katunimistö on hyvinkin sekalaista eikä noudata oikein mitään teemaa. Herttoniemen alueella on vielä Herttoniemen kartanoon liittyvien henkilöiden nimiä kuten Abraham Wetterin tie, Johan Sederholmin tie ja Cronstedtin ranta.